Após a atualização do site está ocorrendo a diferença de dois pontos entre o total de pontos informados no mapa do site MR e o total de pontos informados pelo programa POI Loader após a exportação. Digo após a atualização do site, porque a mesma diferença ocorreu ontem e anteontem, mesmo quando não havia nenhum ponto a incluir.
A opção que utilizo é Garmin GPX.
Exemplo: O arquivo de hoje 07/07/11 das 09:26 hs, de acordo com o POI Loader possui 11452 pontos e o mapa diz que tem 11454.

Para iGO8\Mio também 11452.